W Programie Współpracy zrezygnowano z definicji kwalifikowalnych form prawnych beneficjentów. Takie podejście zostało również zaakceptowane przez Komisję Europejską.
Co do zasady żadne przedsiębiorstwo lub partner w projekcie nie może zostać wykluczony
z uczestnictwa w projekcie, jedynie na podstawie statusu prawnego jednostki. Zawsze musi istnieć powód merytoryczny.
Zasadnicza kwalifikowalność poszczególnych wnioskodawców lub partnerów projektów jest sprawdzana przez Wspólny Sekretariat (WS) w ramach składania wniosku w odniesieniu do następujących kryteriów:

• finansowe i merytoryczne możliwości partnerów projektu
• wkład w osiągnięcie celów projektu
• adekwatność i niezbędność partnerstwa
• znaczenie dofinansowania dla wszystkich działań projektowych.

Jednak w przypadku wnioskodawców/partnerów projektów zorganizowanych na gruncie prywatnoprawnym należy w szczególności zwrócić uwagę, że partnerzy Programu: Meklemburgia-Pomorze Przednie, Brandenburgia i Polska mogą na tle odpowiedzialności finansowej państw członkowskich zgodnie z art. 27 (3) rozp. UE 1299/2013 wyłączyć wnioskodawcę lub partnera projektu z uczestnictwa w realizacji projektu.
Ponadto należy przestrzegać, iż zgodnie z punktem 3.3 Podręcznika dla Wnioskodawców i Beneficjentów projekty lub części przedsięwzięć konkurujące z innymi podmiotami gospodarczymi są niekwalifikowalne.
Konkretna ocena prowadzona jest zawsze indywidualnie na podstawie treści danego projektu i struktury partnerstwa przy zasięgnięciu opinii zaangażowanych Partnerów Programu.

W odniesieniu do działalności lub zadań organizacji/instytucji w ramach Programu Współpracy wspierani mogą być beneficjenci z następujących kategorii:

• Jednostki administracji państwowej, regionalnej i lokalnej, stowarzyszenia tych jednostek i instytucje im podległe
• Inne podmioty prawa publicznego (np. izby, organy administracji rządowej)
• Instytucje edukacyjne, szkoły wyższe, pozostałe podmioty naukowe i edukacyjne
• Administracje i zarządy obszarów ochrony przyrody, takie jak parki narodowe, parki przyrody, parki krajobrazowei rezerwaty biosfery
• Lasy Państwowe i państwowe gospodarstwa leśne, wraz z ich jednostkami organizacyjnymi
• Osoby prawne pożytku publicznego (np. stowarzyszenia, zrzeszenia, fundacje)
• Organizacje i zrzeszenia turystyczne
• Instytucje sportu i kultury
• Europejskie Ugrupowanie Współpracy Terytorialnej (EUWT)
• Organizacje pozarządowe, np. związki zawodowe, organizacje społeczne, organizacje ochrony środowiska i przyrody oraz stowarzyszenia i zrzeszenia pożytku publicznego, reprezentujące interesy przedsiębiorstw gospodarki rolnej, leśnej i rybackiej, takie jak np. organizacje producenckie
• Podmioty prowadzące instytucje kształcenia zawodowego
• Towarzystwa i organizacje aktywizacji gospodarki, centra technologiczne, instytucje naukowo-badawcze
• Instytucje opieki zdrowotnej i społecznej
• Euroregion POMERANIA