Das Projektauswahlverfahren ist im Handbuch für Antragsteller und Begünstigte festgelegt und soll eine Förderung der Projekte ermöglichen, die eine möglichst große grenzüberschreitende Auswirkung und Bedeutung für das Fördergebiet vorweisen sowie einen hohen Innovationseffekt erzielen. Gleichzeitig sollen die Projekte umsetzungsreif sein, über entsprechende Umsetzungsstrukturen sowie ausreichende Liquidität verfügen.
Das Verfahren ist auf Transparenz ausgerichtet und soll eine objektive Bewertung der Projekte gewährleisten.

Die Bewertung findet im Gemeinsamen Sekretariat statt. Projekte werden als Ganzes in allen Verfahrensphasen bewertet. Die Verifizierung einzelner Projektschwerpunkte wird von den Mitarbeitern des GS unter möglicher Unterstützung der entsprechenden externen Fachexperten durchgeführt. Die Bewertung findet auf der Grundlage von Kriterien statt, die vom Begleitausschuss angenommen und detailliert im Handbuch für Antragstellende und Begünstigte beschrieben werden.

Neben den formalen Kriterien bewertet werden die Qualität der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit, die Übereinstimmung mit den Programmzielen, die Auswirkung auf die horizontalen Strategien, die Förderfähigkeit der Antragstellenden sowie die Sicherstellung der Gesamtfinanzierung als auch die Nachhaltigkeit der Projektergebnisse bewertet.

Nach der Bewertung werden die Projekte dem Begleitausschuss vorgelegt. Der Begleitausschuss entscheidet über die Bezuschussung der Projekte gemäß den in der Geschäftsordnung des Begleitausschusses festgelegten Verfahren.

Die Leadpartner werden über die Entscheidung des Begleitausschusses informiert. Ablehnungen der Projekte werden vom Begleitausschuss ausführlich begründet.