Im Kooperationsprogramm hat man auf eine Definition förderfähiger Rechtsformen von Begünstigten verzichtet. Diese Vorgehensweise wurde ebenfalls von der Europäischen Kommission befürwortet.
Grundsätzlich kann kein Unternehmen bzw. Projektpartner, allein unter Berufung auf den rechtlichen Status der Einrichtung, von der Projektbeteiligung ausgeschlossen werden. Es muss immer einen sachlichen Grund geben.
Die grundsätzliche Förderfähigkeit der einzelnen Antragsteller bzw. Projektpartner wird im Rahmen der Antragstellung durch das Gemeinsame Sekretariat (GS) hinsichtlich folgender Kriterien überprüft:

• Finanzielle und fachliche Leistungsfähigkeit der Projektpartner
• Beitrag zur Erreichung der Projektziele
• Angemessenheit und Erforderlichkeit der Partnerschaft
• Beihilferelevanz der gesamten Projektaktivitäten

Insbesondere muss aber bei privatrechtlich organisierten Antragstellern/Projektpartnern oder natürlichen Personen darauf hingewiesen werden, dass die Programmpartner Mecklenburg-Vorpommern, Brandenburg und Polen vor dem Hintergrund der finanziellen Haftung der Mitgliedstaaten gem. Art. 27 (3) der VO(EU) 1299/2013 einen Antragsteller bzw. Projektpartner von der Mitwirkung an der Projektumsetzung ausschließen können.
Weiterhin ist zu beachten, dass gemäß Punkt 3.3 des Handbuchs für Antragsteller und Begünstigte Projekte oder Vorhabensteile, die im Wettbewerb mit der gewerblichen Wirtschaft stehen, nicht förderfähig sind.
Eine konkretere Einschätzung erfolgt einzelfallbezogen auf Basis des jeweiligen Projektinhaltes und der Partnerstruktur unter Hinzuziehung der betroffenen Programmpartner.

Bezogen auf die Tätigkeit bzw. Aufgaben von Organisationen/Institutionen können im Rahmen des Kooperationsprogrammes Begünstigte aus folgenden Kategorien unterstützt werden:

• Institutionen der öffentlichen Verwaltung der staatlichen, regionalen und lokalen Ebene, Vereinigungen dieser Institutionen sowie nachgeordnete Behörden,
• Weitere Körperschaften des öffentlichen Rechts (z.B. Kammern, Organe der Regierungsverwaltung),
• Institutionen des Bildungswesens, Hochschulen, weitere Wissenschafts- und Bildungseinrichtungen,
• Verwaltungen und Träger der Naturschutzgebiete, wie z.B. Nationalparks, Naturparks, Landschaftsparks und Biosphärenreservate,
• Staatliche Forstämter und Forstwirtschaftsbetriebe, einschließlich deren Organisationseinheiten,
• Gemeinnützig tätige juristische Personen (z.B. Vereine, Verbände, Stiftungen),
• Tourismusverbände und -organisationen,
• Kultur- und Sporteinrichtungen,
• Europäischer Verbund für territoriale Zusammenarbeit (EVTZ),
• Nichtregierungsorganisationen, z.B. Gewerkschaften, Sozialverbände, Umweltschutz- und Naturschutz- organisationen sowie gemeinnützige Verbände oder Vereine, welche die Interessen von Unternehmen der Land-, Forst- und Fischereiwirtschaft vertreten, wie z.B. Erzeugerverbände,  
• Überbetriebliche Ausbildungseinrichtungen,
• Wirtschaftsfördergesellschaften und -organisationen, Technologiezentren, Forschungs- und Entwicklungs- einrichtungen,
• Einrichtungen im Gesundheits- und Sozialwesen,
• Euroregion POMERANIA.