Procedura wyboru projektów jest zdefiniowana w Podręczniku dla Wnioskodawców i Beneficjentów i powinna zapewnić możliwość dofinansowania projektów z możliwie największym oddziaływaniem transgranicznym i znaczeniem dla obszaru wsparcia, a także dużym stopniem innowacyjności. Jednocześnie projekty powinny być gotowe do realizacji, mieć zapewnione odpowiednie struktury wdrożeniowe oraz dostateczną płynność finansową.
Procedura jest nakierowana na transparentność i ma zapewnić obiektywną ocenę projektów.

Ocena odbywa się we Wspólnym Sekretariacie. Projekty są oceniane jako całość na wszystkich etapach procedury. Weryfikacji poszczególnych elementów projektu dokonują pracownicy WS przy możliwym wsparciu zewnętrznych ekspertów branżowych. Ocena odbywa się na podstawie kryteriów zatwierdzonych przez Komitet Monitorujący i opisanych szczegółowo w Podręczniku dla Wnioskodawców i Beneficjentów.

Poza kryteriami formalnymi weryfikacji podlega: jakość współpracy transgranicznej, zgodność z celami programu, wpływ projektu na polityki horyzontalne, kwalifikowalność wnioskodawców jak też zabezpieczenie całkowitego finansowania i trwałość efektów projektu. Projekty przyczyniają się do realizacji celów Programu, w tym zakładanych wskaźników.

Ocenione zgodnie z powyższymi zasadami projekty przedkładane są pod obrady Komitetu Monitorującego. Komitet Monitorujący podejmuje decyzję o dofinansowaniu projektu, zgodnie z przyjętymi procedurami, określonymi w Regulaminie Komitetu Monitorującego.

Partnerzy Wiodący otrzymają informację o decyzji Komitetu Monitorującego. W przypadku odrzucenia projektu Komitet Monitorujący w sposób wyczerpujący uzasadni decyzję.